水循環是生態的基礎。「綠色魔法學校」的水是生生不息，永不浪費的設計。被用過的自來水，無論是洗手水或是廁所污水，先進化糞池與人工濕地處理後，再經碳粒過濾後納入地下儲水槽。然後直接引用作為灌溉庭園之用，地面上的雨水也全面收集進入地下水池，再打上屋頂的雨水槽作為沖廁之用。屋頂所收集的雨水為了保持其位能，先收取在東北側樓梯間的垂直雨撲滿，然後以重力引來作為澆灌地面庭園之用。由飲用水、洗手水到雨水，每一滴水都不浪費，幾乎形成一種零排放的生態水循環。